La Sala reiteró que el Consorcio Fidufosyga 2005 contó con la oportunidad de pronunciarse sobre el incumplimiento que le endilgó la demandada incluso contradiciendo los medios de prueba que se adujeron en su contra, con anterioridad a la expedición de los actos administrativos acusados. La Sala destacó que de las pruebas que obran en el expediente, se puede advertir que si bien los términos señalados en el manual de contratación de la parte demandada (MinSalud) no se siguieron de manera estricta esto obedeció a la complejidad de la ejecución del Contrato, como lo advirtieron los actos administrativos demandados, situación que se encuentra prevista en el mencionado manual, al subrayar que los términos allí podían ser ampliados y ajustados según la complejidad y condiciones del asunto a tratar.

La Entidad precisó la vigencia y cambios en normas del sector salud y ambiente, como el Decreto 1076 de 2015 y la Resolución 1164 de 2002, que regulan la gestión de residuos peligrosos y hospitalarios. Estas regulaciones establecen las pautas para su manejo adecuado, buscando proteger el medio ambiente y la salud pública, promoviendo prácticas responsables y seguras en las instituciones del sector.

La Corte Constitucional evaluó el cumplimiento del pago de recursos en el sistema de salud, evidenciando retrasos significativos en el pago aprobado por el Acuerdo de Punto Final, con menos del 50% pagado en el régimen contributivo y confusión en las cifras del régimen subsidiado. Se detectó una problemática estructural que genera una crisis generalizada en el sector. Además, el sistema de monitoreo del abastecimiento de medicamentos y dispositivos médicos sigue en desarrollo. La Corte declaró niveles de cumplimiento bajos y medios, y ordenó al Ministerio de Salud informar sobre avances para agilizar el flujo de recursos, especialmente entre EPS e IPS.

La Contraloría General de la República explica el marco legal para los procesos de liquidación y cobro coactivo de EPS en liquidación. Destaca que la jurisdicción coactiva es una función constitucional de la CGR, cuyo ejercicio es continuo e ininterrumpido. Cuando una EPS entra en liquidación, los recursos a transferir o restituir por el liquidador provienen principalmente de cotizaciones recaudadas y deudas de servicios, impuestos y garantías. La norma prioriza recursos del POS y YGA, protegiéndolos en el proceso. Además, se señala que, pese a que la EPS ya no tiene personería jurídica, es posible adelantar medidas cautelares y de cobro hasta el remate de bienes embargados, siguiendo procedimientos adecuados y con coordinación previa para garantizar la validez y la protección de los recursos públicos.

La Contraloría precisó que las entidades descentralizadas del orden territorial, como las E.S.E., están obligadas a pagar la cuota de fiscalización, aunque con exclusiones específicas, como recursos de crédito y activos titularizados. La base de cálculo incluye los ingresos ejecutados en el año anterior, excluyendo ciertos recursos. La jurisprudencia y normativa vigente ratifican que estas entidades, pese a su autonomía, son sujetas del control fiscal del Estado, en concurrencia con las contralorías territoriales. La cuota busca garantizar la vigilancia sobre la gestión de recursos públicos, asegurando transparencia, eficiencia y responsabilidad en la administración hospitalaria, así como en otras entidades públicas.