La controversia giró frente a la legalidad de los actos administrativos mediante los cuales el IDU hizo efectivo el amparo de estabilidad de una obra. La entidad adoptó esta decisión ante las fallas presentadas en las losas de pavimento. El contratista que construyó la obra y la aseguradora que expidió la póliza solicitaron la nulidad de tales actos, el restablecimiento de sus derechos y la reparación de los perjuicios causados por su expedición. El Consejo de Estado confirmó la validez de los actos del IDU. Consideró que la entidad tenía potestad para hacer efectiva la garantía de cumplimiento, a pesar de la existencia de una cláusula compromisoria, y que el debido proceso se respetó. Se determinó que la causa de las fallas en las losas fue la modificación unilateral del diseño por el contratista. Además, se aclaró que la función del amigable componedor no limitaba la potestad del IDU, y su decisión, si bien abordaba aspectos técnicos, no privaba a la entidad de su facultad para declarar el riesgo, rechazando el argumento de cosa juzgada en este contexto.

Colombia Compra enfatizó que la falta de competencia en la suscripción de un contrato estatal constituye un vicio de nulidad absoluta. Esto se debe a que las normas de competencia contractual son de orden público e imperativas, y su inobservancia contraviene el derecho público de la nación, configurando un objeto ilícito según el artículo 1519 del Código Civil. El Consejo de Estado ha ratificado que tal situación genera nulidad absoluta, una sanción que, a diferencia de la nulidad relativa, no es susceptible de saneamiento por ratificación. El artículo 45 de la Ley 80 de 1993 prohíbe expresamente el saneamiento por ratificación de la nulidad absoluta, implicando que el contrato queda sin efectos jurídicos, buscando que las cosas retornen al estado previo a su celebración.

La Contraloría General de la República (CGR) indica que en contratos financiados con regalías, los ahorros o excedentes generados por la ejecución con menor costo o unidades no consumidas, en general, deben reintegrarse al Estado, no constituyendo una utilidad legítima para el contratista, especialmente en contratos a precios unitarios. En contratos a suma alzada, si el objeto se cumple totalmente, no hay excedente a reintegrar, pero la CGR evaluará la razonabilidad del precio pactado. Respecto al control fiscal, la CGR está plenamente facultada para requerir a los contratistas que manejan fondos públicos toda la documentación de soporte de gastos (facturas, comprobantes) para verificar el uso adecuado de los recursos, prevenir sobrecostos y proteger el patrimonio público, basándose en la Constitución y leyes de control fiscal.

El Consejo de Estado decretó la suspensión provisional del inciso segundo del numeral 16.2 de la Circular Externa única, versión 3 de Colombia Compra Eficiente. Este aparte indicaba que la restricción de la Ley de Garantías, aplicable a convenios interadministrativos, también abarcaba a los contratos interadministrativos, bajo el argumento de que la normativa no diferencia ambos conceptos. La suspensión se debe a que Colombia Compra Eficiente se arrogó una competencia que no tiene, al extender una prohibición que limita el ejercicio de una facultad (celebrar contratos interadministrativos) que la Ley de Garantías reserva expresamente para "convenios", y cuya extensión a contratos requeriría una ley estatutaria. Además, el tribunal ya había suspendido un contenido normativo idéntico en una versión anterior de la circular.

Colombia Compra Eficiente precisa que no existen restricciones para ejecutar gastos de funcionamiento e inversión en un mismo contrato, de acuerdo con el principio de programación integral (Decreto Ley 111 de 1996). El desembolso debe contar con respaldo presupuestal y ajustarse a las partidas legislativas. Las entidades deben justificar las fuentes de recursos para trazabilidad y los productos esperados, y el manejo presupuestal (CDP y PAC) debe seguir las directrices del Ministerio de Hacienda y el DNP. En el Plan Anual de Adquisiciones, se debe desglosar el tipo de recursos. La Agencia ofrece lineamientos generales, dejando la definición específica a cada entidad.