La Contraloría General de la República (CGR) indica que en contratos financiados con regalías, los ahorros o excedentes generados por la ejecución con menor costo o unidades no consumidas, en general, deben reintegrarse al Estado, no constituyendo una utilidad legítima para el contratista, especialmente en contratos a precios unitarios. En contratos a suma alzada, si el objeto se cumple totalmente, no hay excedente a reintegrar, pero la CGR evaluará la razonabilidad del precio pactado. Respecto al control fiscal, la CGR está plenamente facultada para requerir a los contratistas que manejan fondos públicos toda la documentación de soporte de gastos (facturas, comprobantes) para verificar el uso adecuado de los recursos, prevenir sobrecostos y proteger el patrimonio público, basándose en la Constitución y leyes de control fiscal.
El Consejo de Estado decretó la suspensión provisional del inciso segundo del numeral 16.2 de la Circular Externa única, versión 3 de Colombia Compra Eficiente. Este aparte indicaba que la restricción de la Ley de Garantías, aplicable a convenios interadministrativos, también abarcaba a los contratos interadministrativos, bajo el argumento de que la normativa no diferencia ambos conceptos. La suspensión se debe a que Colombia Compra Eficiente se arrogó una competencia que no tiene, al extender una prohibición que limita el ejercicio de una facultad (celebrar contratos interadministrativos) que la Ley de Garantías reserva expresamente para "convenios", y cuya extensión a contratos requeriría una ley estatutaria. Además, el tribunal ya había suspendido un contenido normativo idéntico en una versión anterior de la circular.
Colombia Compra Eficiente precisa que no existen restricciones para ejecutar gastos de funcionamiento e inversión en un mismo contrato, de acuerdo con el principio de programación integral (Decreto Ley 111 de 1996). El desembolso debe contar con respaldo presupuestal y ajustarse a las partidas legislativas. Las entidades deben justificar las fuentes de recursos para trazabilidad y los productos esperados, y el manejo presupuestal (CDP y PAC) debe seguir las directrices del Ministerio de Hacienda y el DNP. En el Plan Anual de Adquisiciones, se debe desglosar el tipo de recursos. La Agencia ofrece lineamientos generales, dejando la definición específica a cada entidad.
La CGR establece que su función de control fiscal no implica coadministración ni le permite dar órdenes sobre la ejecución de presupuestos o el manejo de recursos. Los hallazgos de auditoría describen situaciones detectadas, pero no pueden instruir al sujeto de control a retener pagos ni condicionar el cumplimiento de lo pactado en los contratos. La autonomía contractual de las entidades implica que son ellas quienes deben procurar el cabal cumplimiento de los contratos y proponer acciones para superar las observaciones, sin que un hallazgo de la Contraloría sirva de excusa para el no pago.
La DIAN aclara que la exclusión del IVA para contratos de obra pública, establecida en el artículo 100 de la Ley 21 de 1992, no aplica de forma general, sino únicamente cuando el contratante es una entidad territorial (departamento, distrito o municipio) o una entidad descentralizada de ese orden. La doctrina enfatiza la interpretación restrictiva de este beneficio, excluyendo expresamente a las entidades del orden nacional como Ministerios, Agencias Nacionales o dependencias del Gobierno central, ya que estas no cumplen el requisito subjetivo de ser entes territoriales. Por lo tanto, un contrato de obra pública celebrado directamente con un Ministerio está gravado con IVA, mientras que, si la misma obra es contratada por una Gobernación o Alcaldía, sí aplica la exclusión.