El Consejo de Estado precisó que la transacción es un contrato para terminar o prevenir litigios, con efecto de cosa juzgada. Sus elementos clave son la existencia de un litigio (ánimo litigioso), su extinción y concesiones mutuas; la contraprestación monetaria no es un requisito. Además, subrayó la importancia de las salvedades en la liquidación bilateral de contratos estatales: para que las reclamaciones posteriores sean acogidas, las partes deben haber planteado salvedades claras y suficientes en el acta, fundamentado en el principio de buena fe contractual, no en una norma específica. La ausencia de estas impide que las pretensiones prosperen.
El Consejo de Estado declaró probada la caducidad en la demanda instaurada por la Sociedad Agropecuaria Santa Anita de Nechí S.A.S. contra la Nación y otros, que buscaba indemnización por la inundación de su predio el 10 de julio de 2010 tras la ruptura de un dique en Nechí. La Sala analizó que, según la ley, el plazo de dos años para interponer la demanda de reparación directa empieza a contar desde el día siguiente al hecho. Dado que la inundación ocurrió el 10 de julio de 2010, el término finalizó el 11 de julio de 2012. Sin embargo, la demanda fue presentada el 11 de marzo de 2013, es decir, de forma extemporánea. La Sala precisó que el daño no fue continuado, sino instantáneo en el momento de la ruptura del dique, aunque sus efectos se prolongaran, y que la propia demandante confesó conocer la fecha del suceso.
El Consejo de Estado negó las pretensiones de la demanda presentada por Aguas Kpital Cúcuta S.A. E.S.P. contra Ecopetrol, en la que la empresa de servicios públicos buscaba que se declarara la responsabilidad de la petrolera por presuntos daños y costos asociados a la prestación del servicio de acueducto y alcantarillado, derivados de la contaminación del recurso hídrico y de descargas provenientes de actividades industriales. La alta corte analizó el alcance de las obligaciones legales de Ecopetrol, la prueba aportada sobre la existencia del daño y el nexo causal, y concluyó que no se acreditó de manera suficiente que la empresa demandada fuera la causante directa de las afectaciones alegadas, ni que hubiera incumplido un deber jurídico específico. Además, señaló que los costos asumidos por la prestadora hacían parte de sus responsabilidades propias como operador del servicio público, razón por la cual confirmó la negativa a las pretensiones de la demanda.
El Consejo de Estado declaró a Ecopetrol patrimonialmente responsable por la ruptura del poliducto Puerto Salgar-Cartago el 23 de diciembre de 2011, la cual generó un derrame de combustible en la quebrada Aguazul, explosiones y conflagración.
El Consejo de Estado reiteró que las controversias de carácter tributario no pueden someterse a arbitraje, al resolver un recurso contra el rechazo de una demanda de controversias contractuales presentada contra el municipio de San José de Cúcuta. La demanda cuestiona descuentos y retenciones tributarias practicadas durante la ejecución de un contrato, y busca el restablecimiento del equilibrio económico y la liquidación judicial. Aunque el contrato contenía cláusula compromisoria y el conflicto fue llevado inicialmente a un tribunal de arbitramento, este se declaró incompetente para pronunciarse sobre las pretensiones tributarias, al tratarse de asuntos indisponibles y reservados a la jurisdicción. Pese a ello, el Tribunal Administrativo de Norte de Santander rechazó la demanda. El Consejo de Estado precisó que, cuando el propio tribunal arbitral se declara incompetente en un punto específico, la jurisdicción contenciosa queda habilitada para conocerlo. Por ello, revocó el rechazo y ordenó al tribunal administrativo examinar los requisitos de admisión de la demanda y tramitarla conforme a la ley.
El Consejo de Estado resolvió una demanda presentada por Carman Internacional S.A.S. contra CARDIQUE, por los perjuicios que, según la empresa, le ocasionó la suspensión de sus actividades de disposición de residuos en una planta ubicada en Pasacaballos, Cartagena. El caso se originó en 2011, cuando se produjo el desbordamiento de una piscina de residuos. Tras un concepto técnico, CARDIQUE impuso una medida preventiva que ordenó suspender las operaciones de la empresa por el inadecuado manejo y almacenamiento de residuos, al considerar que existía riesgo grave de contaminación ambiental. Carman alegó que esa decisión fue arbitraria y demandó al Estado mediante una acción de reparación directa, reclamando millonarias indemnizaciones por daño emergente, lucro cesante y afectación de su reputación comercial.
El caso analizó un negocio jurídico celebrado entre el FONADE y el IPSE, denominado por las partes como “Contrato Interadministrativo”, cuyo objeto era adelantar de forma conjunta un proyecto hidroeléctrico en Nuquí (Chocó). Al estudiar el asunto, el Consejo de Estado precisó que, más allá de su denominación formal, el negocio debía calificarse conforme a su contenido real y finalidad. Concluyó que se trataba de un Convenio Interadministrativo, porque no existía una relación típica de contratante–contratista ni una contraprestación económica a favor de una de las partes. Por el contrario, ambas entidades actuaban en un plano de igualdad, con intereses convergentes, aportando recursos y capacidades para cumplir un fin público común. El acuerdo se orientaba a la cooperación administrativa y a la gestión conjunta del proyecto, características propias de los convenios y no de los contratos estatales.
La demanda buscó la nulidad de la expresión "ha actuado" contenida en el Decreto 1358 de 2020, que reglamenta inhabilidades para contratar con el Estado. El demandante alegaba que excedía la Ley 80 de 1993 al ampliar la restricción a sociedades donde personas condenadas por corrupción hubieran participado en el pasado, no solo en el presente. La Sala precisó que la inhabilidad se extiende de forma permanente a personas naturales responsables y a sociedades (matrices, subordinadas, sucursales) porque la Ley 2014 de 2019 modificó el régimen para afianzar la lucha contra la corrupción. Esta ley, en su Artículo 2, amplió la inhabilidad de manera permanente y la extendió a grupos empresariales cuando la conducta delictiva forma parte de una política del grupo, endureciendo las consecuencias para garantizar transparencia.
El Consejo de Estado analizó los contratos de aporte minero celebrados bajo el anterior Código de Minas y precisó que se trataba de contratos mineros de naturaleza administrativa, regidos por la legislación minera especial y no por el régimen general de contratación estatal. La Sala reiteró que el registro minero era una solemnidad ad existentiam actus y constituía la única prueba del derecho minero. En consecuencia, la ausencia de inscripción impedía el perfeccionamiento del contrato y llevaba a su inexistencia jurídica, no a su nulidad. Al no existir el contrato, este no podía producir efectos ni generar obligaciones exigibles, por lo que resultaba improcedente declarar su incumplimiento o reconocer perjuicios derivados. Así, el Consejo de Estado descartó las pretensiones indemnizatorias al faltar el presupuesto esencial: la existencia misma del contrato.
El Consejo de Estado confirmó la anulación parcial del laudo arbitral al concluir que el tribunal de arbitramento excedió su competencia al modificar el esquema tarifario del contrato de concesión del Relleno Sanitario Doña Juana, asunto que estaba reglado por el contrato y por la normativa aplicable, y cuya definición no podía apartarse de esos parámetros. La Sala advirtió que los árbitros reconfiguraron la fórmula tarifaria, alterando la asignación de riesgos y el equilibrio económico pactado, sin sustento contractual ni habilitación legal expresa. Ello implicó un desconocimiento del principio de congruencia, así como una sustitución indebida de la voluntad contractual de las partes y de las competencias de la administración. Por estas razones, el alto tribunal consideró ajustada a derecho la decisión judicial que anuló parcialmente el laudo en ese punto, al proteger los límites del arbitramento y el respeto por el marco contractual del servicio público de disposición final de residuos en Bogotá.