El caso se originó por un conflicto entre Sofrasa SA y el Ministerio de Comercio Exterior respecto al incumplimiento del contrato de arrendamiento y operación de la zona franca de Santa Marta. Sofrasa fue declarada en incumplimiento parcial del contrato y se hizo efectiva la cláusula penal pecuniaria, lo que generó la terminación unilateral del contrato y la imposición de sanciones económicas. El Consejo de Estado anuló estas decisiones porque el Ministerio vulneró el debido proceso al no agotar las etapas propias del procedimiento administrativo sancionatorio ni garantizar el derecho de defensa. También consideró que la cláusula penal se aplicó de forma errónea, sin tomar en cuenta el valor real del arrendamiento.
Además, la modificación en la normativa de zonas francas impactó el contrato, pero Sofrasa no recibió un trato equitativo frente a otros operadores. Por estas razones, las resoluciones que declararon el incumplimiento y aplicaron la sanción fueron declaradas nulas.
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