El Consejo de Estado comparte, que el conflicto entre las autoridades ambientales y las autoridades indígenas respecto de los recursos naturales ubicados en sus territorios, no debe plantearse desde una perspectiva puramente jurídica-formal, sino de manera sistemática con las normas constitucionales y legales que reconocen la autonomía de los pueblos indígenas. Por tanto, en casos como el presente no se trata de discutir la competencia de las Corporaciones Autónomas Regionales para adelantar procesos sancionatorios ambientales, que no tiene duda, sino de determinar “la interpretación de dicha competencia a la luz de las garantías constitucionales de las comunidades indígenas relativas al fenómeno del Autogobierno 

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