El DNP precisa que la estimación de costos en proyectos SGR es responsabilidad del formulador y la entidad que presenta el proyecto. Deben incluirse todos los gastos asociados, aplicando el principio de "programación integral", es decir, que no sean recurrentes ni permanentes. La normativa SGR no detalla cuáles gastos son de legalización o permanentes; esta definición recae en la autonomía del formulador, quien debe desglosarlos. Aunque la Comisión Rectora del SGR establece requisitos de viabilidad, la entidad formuladora determina y justifica los costos directos e indirectos, incluyendo la carga impositiva territorial con certificación (Acuerdo 16 de 2025). El DNP carece de competencia para definir específicamente estos gastos.