Las Gerencias Departamentales de la CGR, que incluyen Gerentes y Contralores Provinciales (de planta permanente y temporal), son competentes en la vigilancia y control fiscal de los recursos del Sistema General de Regalías (SGR). Su rol abarca el conocimiento, trámite y decisión de indagaciones preliminares y procesos de responsabilidad fiscal. Los Contralores Provinciales de Regalías se encargan específicamente de asuntos SGR en su jurisdicción. Si la planta temporal de regalías cesa o se reduce, los directivos de la planta permanente de la CGR asumen estas competencias para garantizar la continuidad del control fiscal.