En segunda instancia, el Consejo de Estado ratificó que no había lugar a emitir un juicio sobre esta controversia. La alta corte compartió la tesis del Tribunal que señala que la anulación de la decisión del Concejo daría lugar al restablecimiento automático de un derecho a favor del Instituto Nacional de Pesca. Teniendo en cuenta que quien figura como demandante es una funcionaria de la entidad perteneciente a la regional del Atlántico, no la entidad como tal, esta alta corte considera que a esta accionante no le asiste interés para discutir la legalidad del Acuerdo Municipal y para solicitar el restablecimiento de ningún derecho supuestamente afectado por el acto administrativo.
